1. Для начала создаем на рабочем стале папку,называем её как хотим(Например Mineserver)
2. Далее нажимаем на ссылку и скачиваем файл
3. Затем закидываем этот файл в вашу папку которую вы создали на рабочем столе
4. Далее вы создаете в вашей папке текстовый документ, копируете этот код

@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"%ProgramFiles%\Java\jre6\bin\java.exe" -Xincgc -Xmx1G -jar craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar
PAUSE

и вставляете его в ваш текстовый документ
5. Затем вы должны переименовать ваш текстовый документ в Run.bat
6. Запускаем сервер и видим у нас генерируется мир.
7. Дальше в папке с сервером мы находим файл server.properties открываем его и смотрим настройки:

#Minecraft server properties
#Wed May 11 17:52:02 CEST 2011
level-name=world - название вашего игрового мира
hellworld=false - ад (если у вас слабый компьютер лучше отключите)
spawn-monsters=true - Спаун монстров
online-mode=false - тут вы должны поставить false для того что-бы на ваш сервер могли зайти с пиратки
spawn-animals=true - Спаун животных
max-players=20 - Максимальное количество игроков на сервере
server-ip= -ИП сервера.Оставляете это поле пустым
pvp=true - ПвП (Игрок против Игрока)
level-seed=
server-port=25565 - Порт сервера
allow-flight=false -Разрешить летать
white-list=false - Вайт лист.Вы добавляете игроков в вайтлист и они смогут зайти на ваш сервер
spawn-protection=15 - защита спауна (сколько кубов)

Если чего то не хватает пишите комментарии дополняйте.